Marius Schwemmer sammelte seine ersten kirchenmusikalischen Erfahrungen als Mitglied der Regensburger Domspatzen. Bereits in seiner Jugend begann er seine Arbeit mit Laien- und semiprofessionellen, später auch Profichören unterschiedlicher Sparten. Er absolvierte ein umfassendes Musikstudium an der Hochschule für Musik Würzburg, das er als staatl. gepr. Musiklehrer, Diplom-Kirchenmusiker (A) und mit dem Konzertexamen Orgel abschloss. Den Schwerpunkt Chorleitung vertiefte im Aufbaustudium bei Prof. Manfred Schreier an der Musikhochschule Trossingen. Zudem erhielt er wichtige Anregungen in verschiedenen internationalen Meisterkursen bei namhaften Dirigenten.
In seinem Musikwissenschaftstudium bei Prof. Dr. Ulrich Konrad am Institut für Musikforschung der Universität Würzburg, das er mit der Promotion zum Dr. phil. abschloss, intensivierte und fundierte er zudem seine Beschäftigung mit Fragen der unterschiedlichen stilistischen Lesearten und Aufführungspraxis vom Gregorianischen Choral bis hin zu zeitgenössischer Musik.
Diese Verbindung von dirigentischer und interpretatorischer Praxis sowie künstlerischer und pädagogischer Beschäftigung mit zeitgenössischer Kirchenmusik findet Niederschlag in Schwemmers Publikationen, seiner Editionstätigkeit sowie in seinen Lehraufträgen an den Universitäten Passau und Würzburg. Sie bildet zudem den Schwerpunkt seiner Arbeit als Kirchenmusiker. Nach seinem Wirken am Priesterseminar in Würzburg, am Konstanzer Münster und an der Basilika St. Lorenz in Kempten wurde Schwemmer 2009 zum Diözesanmusikdirektor von Passau berufen.
Seit dem Wintersemester 2009/2010 leitet er den Passauer Studentenchor an der Universität Passau.
2010 gründete er den Diözesankammerchor Passau. Daneben arbeitet er mit verschiedenen Chören und Orchestern projektweise zusammen und realisiert regelmäßig Uraufführungen.